Elle aurait pu être construite dès avant le XIe siècle mais il ne subsiste aucun élément architectural de l’édifice d’origine susceptible d’attester cette existence ancienne. Les bâtiments actuels sont le résultat des travaux successifs de remaniements, transformations ou restaurations, des XVIIe, XVIIIe et XIXe siècles. Le portail latéral nord, du XVe siècle, est l’élément le plus ancien.
L’édifice actuel a été reconstruit au XVIIe siècle après avoir été quasiment complètement détruit lors de la prise de Pontarlier par les suédois, en 1639, puis par un nouvel incendie en 1680 et enfin dans le grand incendie de Pontarlier en 1736. La première reconstruction, que l’on qualifierait aujourd’hui de à l’identique, fut entreprise dès 1651. L’église Saint-Bénigne est agrandie au début du XIXe siècle, restaurée dès 1874 après la guerre de 1870, agrandie à nouveau en 1920 après la Première guerre mondiale, puis fait l’objet d’une très importante restauration en 1970. Enfin, en 1974 les anciens vitraux sont déposés et remplacés par des vitraux réalisés suivant les cartons du peintre Alfred Manessier. L’orgue, installé par le facteur d’orgues Saumet en 1759 est modifié une première fois au XIXe siècle par les frères Joseph et Claude Ignace Callinet puis en 1982.
L’église Saint-Bénigne, jadis entourée du cimetière, est aujourd’hui constituée d’un clocher-porche (construit en 1652, abattu en 1680, reconstruit en 1681) couvert par une toiture à l’impériale (1753) ; il est flanqué d’une tour abritant l’escalier d’accès au clocher, à l’ancienne chambre du guetteur, à la chambre des cloches et à l’horloge. Ce clocher-porche ouvre sur une nef à trois vaisseaux (un vaisseau central et deux bas-côtés doublés de 4 chapelles latérales et d’un chœur (1809). Voûtes d’arêtes dans la nef, voûtes d’ogives pour le clocher-porche, voûtes d’arêtes et voûtes d’ogives pour les chapelles, plafond plat pour le chœur, les siècles juxtaposent les solutions apportées au voûtement en fonction des modes, au détriment de l’unité générale.
À noter, au titre du mobilier : la chaire à prêcher (M. H.) réalisée en 1754 par les frères Guyon, menuisiers-sculpteurs ; le maître-autel, en pierre du Jura, d’Irène Zack (1970) ; une Vierge à l’Enfant sculptée en bois polychromé, dite Vierge de Lausanne (XVe s. M.H.) ; une Vierge Noire à l’Enfant (1690) ; un Christ crucifié sans la croix (XVIe s.) ; un Christ mort gisant (XVIIe s.), sculpté en bois polychromé (M.H.) ; un tableau représentant la lactation de Saint-Bernard par la Vierge (XVIIe s.) ; un tableau, Jésus au Jardin des Oliviers (M.H. XVIIe s.). On trouve aussi mention dans certains textes d’archives d’un jubé qui a aujourd’hui disparu.
GPS : 46,902162 / 6,356541